Có thể nói, Công Phượng đang sở hữu thành tích “cực khủng” trước người Malaysia. Cụ thể, trong ba trận gần nhất gặp các cấp ĐT Malaysia, Công Phượng ghi đến 4 bàn, đồng thời có 4 lần in dấu ấn vào bàn thắng của đồng đội.
2/6/2015 có lẽ là một trong những ngày đáng nhớ nhất sự nghiệp Công Phượng. Anh tỏa sáng rực rỡ ở một trong những trận đấu hay nhất cuộc đời, giúp U23 Việt Nam nghiền nát U23 Malaysia với tỷ số 5-1 ở vòng bảng SEA Games 2015.
Ngày hôm ấy, Công Phượng đã ghi 2 bàn đẳng cấp vào lưới Malaysia, trong đó có 1 pha đá phạt tuyệt đẹp, đồng thời mang về 2 quả phạt đền cho Mạc Hồng Quân và Võ Huy Toàn ghi bàn. Trận thắng tưng bừng 5-1 giúp người hâm mộ Việt Nam tạm quên thất bại đau đớn 2-4 cách đó chỉ mấy tháng trên sân Mỹ Đình, ở bán kết lượt về AFF Cup 2014.
Trước đó không lâu, vào ngày 27/3/2015, tại vòng loại giải U23 châu Á, Công Phượng giúp U23 Việt Nam hạ U23 Malaysia với tỷ số 2-1 ngay trên sân đối thủ.
Chàng tiền đạo quê Nghệ An đánh gót cực điệu nghệ kiến tạo cho Huy Toàn lập công gỡ hòa, sau đó tự mình ghi bàn ấn định tỷ số 2-1 sau cú phất bóng như đặt của Quế Ngọc Hải. Trong bảng đấu có Nhật Bản, chiến thắng do Công Phượng đem về có ý nghĩa quyết định.
Đến tháng 2/2017, U23 Việt Nam hạ U23 Malaysia với tỷ số 3-0 ở trận giao hữu trên sân Thống Nhất. Công Phượng tiếp tục đặt dấu ấn với pha ghi bàn ấn định tỷ số 3-0 và trước đó anh kiến tạo cho Văn Toàn ghi bàn.
